O problema que relatei aqui foi resolvido.
Não encontrei a causa por isso posso continuar á mercê dos hackaros, mas pelo menos para já os sites estão limpos (este blogue está alojado noutro provider e não foi afectado).
O processo de limpeza foi simples mas demorado, comecei por fazer download de todos os ficheiros que tinha na conta afectada, pagar numa instalação “virgem” do WordPress e copiar para cima dos ficheiros já existentes, de cada instalação que tenho do WordPress. Mesmo assim continuava a haver ficheiros infectados. Fiz uma pequena aplicação em C# que pesquisa recursivamente todos os ficheiros pelo código injectado e o apaga copiando para outro directorio os ficheiros “limpos”.
Se alguém padecer do mesmo mal, que esteja á vontade para me solicitar o código que usei para percorrer todos os ficheiros em todos os directórios e sub-directórios e encontrar os ficheiros afectados. Não disponibilizo aqui a aplicação porque está um bocado tosca, para a usar convém ler o código e ajustar á infecção que os ficheiros tiverem.