Após limpar tabelas do SqlServer que têm um campo de auto incremento, se quisermos reiniciar o valor do auto-incremento basta executar o comando seguinte:
DBCC CHECKIDENT (‘NomeDaTabela’, reseed, 1);
Este comando vai zerar o campo auto_increment da tabela do sql server que colocarmos onde coloquei “NomeDaTabela”,
Para executar este comando podemos usar o SqlServer Management Studio que geralmente está em “Programas > Microsoft SQL Server VersãoXX > SQL Server Management Studio”, basta abrir fazer login, seleccionar a base de dados onde está a tabela que queremos alterar e executar o comando acima como um querie normal.
Mais informações no artigo da MSDN http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms176057.aspx